Il Fronte militare clandestino della Resistenza (FMCR) è costituito pochi giorni dopo l’armistizio dal colonnello Giuseppe Cordero Lanza di Montezemolo e rappresenta la continuità del Regio Esercito: infatti il 23 settembre 1943, dopo che i tedeschi occupano il Ministero della Guerra e catturano il generale Calvi di Bergolo, Montezemolo, vestito con abiti civili, riesce a fuggire e, con militari fedeli alla Corona, organizza la lotta clandestina contro gli occupanti. Stabilisce un ponte radio con il governo del sud, al quale invia quotidianamente messaggi con informazioni dettagliate sulla consistenza e i movimenti delle forze nemiche. 

Nei riguardi della popolazione civile l’obiettivo del FMCR è quello di difenderla dalle violenze degli occupanti e più volte invia agli Alleati messaggi nei quali deplora i bombardamenti che arrecano danni ai civili e danno argomento alla propaganda nazifascista. In difesa della capitale predispone i filtri per purificare l’acqua del Tevere al fine di prevenire i danni derivanti da un’eventuale distruzione degli acquedotti da parte dei tedeschi al momento dell’abbandono della città e allestisce un piano di emergenza per l’alimentazione della città. In quest’ottica il 12 dicembre uomini del FMCR riescono a prelevare dal Poligrafico dello Stato carta filigranata per stampare carte annonarie false da distribuire alla popolazione. Se ne stampano circa mezzo milione. Altra attività consiste nell’organizzare squadre antisabotaggio nelle centrali elettriche di Terni e Tivoli.

Con la cattura di molti membri del FMCR la Resistenza subisce un forte colpo: il 23 gennaio i generali Simone Simoni e Sabato Martelli Castaldi, il maggiore Ugo de Carolis, il capitano Raffaele Aversa, il colonnello Giovanni Frignani; il 25 gennaio il colonnello Giuseppe Montezemolo, a febbraio il generale Vito Artale. Tutti trucidati alla Cave Ardeatine. 
In seguito all’arresto di Montezemolo il comando passa al generale Quirino Armellini, al quale, per iniziativa del governo Badoglio, succede alla fine di marzo il generale Roberto Bencivenga.